بخش همودیالیز مرکز آموزشی درمانی حضرت فاطمه معصومه(س) در طبقه همکف بیمارستان واقع شده که در سال 1396 افتتاح گردید. 
 
این مرکز تنها بخش همودیالیز کودکان در استان می باشد. این بخش دارای سه تخت فعال می باشد که در حال حاضر در نوبت کاری صبح و عصر فعالیت دارد.

زائر پذیر بودن شهر مقدس قم این واحد را به یکی از مراکز پذیرش کودکان مهمان در فصل تابستان و اعیاد کرده است.
 
کودکان این مرکز تحت نظر دو پزشک فوق تخصص نفرولوژی اطفال جناب آقای دکتر محسن اخوان سپهی و جناب آقای دکتر سید محمد رضا رضوی قرار دارند.
 
 این واحد جهت بازی و سرگرمی کودکان مجهز به سه دستگاه PS4 می باشد. 
 
تلفن مرکز جهت کسب اطلاعات بیشتر 02531625139 می باشد.